网站原创摘 要：该文主要讲述随着下一代测序技术（next-generationsequencing）的快速发展,生物信息数据产生了大量的小片段序列.像re-sequencing还有transcriptomesequencing测序产生的数据中,都会产生定位在参考基因组上的短序列片段.如何有效地对测序数据进行针对性的短序列片段映射及比对处理,是个值得关注的问题.SAM和BAM格式是用于存储对参考序列的片段比对的一个通用比对格式,BAM含有和SAM相同的信息,而BAM较高的压缩率也为存储数据带来便利,同时它也具有快速访问和检索的功能.能够能直接或间接支持SAM/BAM数据格式的基因浏览器可以实现快速浏览,为后续可视化及注释的处理带来极大的便利.基于SAM/BAM的灵活性和可扩展性,该文提出一种可以将SAM/BAM格式的数据作为基因浏览器数据层的实现方法,这将极大地提高了基因浏览器对下一代测序数据的展示效果,也同时推进了测序数据可视化的发展.
| 有关论文范文主题研究: | 关于生物信息的论文范文 | 大学生适用: | 函授论文、高校大学论文 |
|---|---|---|---|
| 相关参考文献下载数量: | 56 | 写作解决问题: | 如何怎么撰写 |
| 毕业论文开题报告: | 论文任务书、论文摘要 | 职称论文适用: | 杂志投稿、职称评副高 |
| 所属大学生专业类别: | 如何怎么撰写 | 论文题目推荐度: | 免费选题 |
关 键 词：测序数据处理；序列比对格式；SAMtools
中图分类号：TP393文献标识码：A文章编号：1009-3044(2011)36-pppp-0c