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PubMed资料库使用简介

一、资料库内容简介

PubMed为美国国家医学图书馆的美国国家生技资讯中心(NCBI)所制作的生物医学相关文献的书目索引摘 要资料库,,

MEDLINE资料以生物医学,,PubMed资料库范围更涵盖了如下内容:

对於超出学科范围(如:,,NLM审核通过并已由PubMedCentral典藏的全文文献亦收录之.

二、资料库操作说明

主画面PartI

主画面PartII

兹分述其功能及使用方式如下:

(一)选择资料库

美国国家生技资讯中心(NCBI)制作了一系列的生物医学资料库如下:

PubMed:生物医学文献书目索引摘 要资料库.

Nucleotide:包含GenBank,RefSeq,PDB资料库中的人类基因序列资料.

Protein:整合了SwissProt,PIR,PRF,PDB,GenBank及RefSeq资料库中的资料,并可参照Taxonomy资料库,了解特定种类的蛋白质的在资料库中分类状况的相关说明.

Structure

Genome:基因组合序列资料库.

PopSet:可查询某族群的基因序列,了解该族群演进之相关资料.

OMIM:遗传学资料库.

Taxonomy:在NCBI基因资料库中提及的微生物的核酸或蛋白质序列的分类状况之相关说明.

Books:收录C.elegansII.,IntroductiontoGeicAnalysis.7thed.,ModernGeicAnalysis.,MolecularBiologyoftheCell.3rded.,MolecularCellBiology.4thed.,Retroviruses.等六本书.

ProbeSet:以检索的方式使用基因学诠释文献资料库.

3DDomains

使用者可点选下拉式选单中欲检索的资料库名称,此外,检索栏上方的快速功能表中则选列了常用的资料库,Nucleotide,Protein,Genome,Structure(即3DDomains),PopSet,Taxonomy,OMIM,Books.

(二),关於Entrez检索系统

Entrez是一Web-based检索系统,用以检索下图所示各资料库,只要从其中一个资料库出发,可在检索结果中进行相关资料库的检索.

(三),辅助说明

PubMed资料库中备有详尽的资料库线上操作求助讯息,包括:Help,FAQ,Tutorial以便使用者自学,另有网站资料,功能异动讯息以告知使用者应注意的事项.

(四),PubMed怎么写作项目

JournalBrowser:

藉由此功能,可以从「ISSN」或是「Medline刊名缩写」查JournalofAmericanDentalAssociation」,可找到期刊的基本资讯如下:

点选「pISSN「MEDLINEAbbr.PubMed收录该期刊的文章索引.

2.MeSH浏览:

点选此功能後,在检索栏位中输入欲查询的词汇,可浏览PubMed资料库中所使用控制词汇,如查询「cancer」,

a.说明在PubMed中「cancer」一词将以「Neoplas」取代.

b.可展开Neoplas词汇所包含的更精细的主题概念,,(AND,OR,NOT)加入检索.

c.可直接将Neoplas主题概念以布林逻辑的方式(AND,OR,NOT)加入检索.

3.检索特定文献

使用栏位化的检索方式,找寻特定刊名,卷期,作者,篇名的文献资料.

4.批次检索文献(BatchCitationMatcher)

以指令式的方式检索资料库有几篇相关的文献,只要输入刊名,年代,卷期,起始页,作者名,关 键 词其中部分栏位资料即可.形式如下:

Journal_Title|year|volume|first_page|AuthorName|Your_key|

5.临床病理资料(ClinicalQueries)

本功能提供临床病理资料之查询,HaynesRB等专家所制订的最佳化检索策略之机制,,:(Therapy),诊断方式(Diagnosis),病因(Etiology),(Prognosis)其中的一类,(sensitivity)或精确率(specificity)较高的.

6.LinkOut

LinkOut为生物医学相关网路资源之功能选项,包括线上电子全文,书目资料库清单,消费者健康资讯,研究参考资料等资讯.如有外部资源的连结,使用者可在PubMed摘 要书目中看到LinkOut此一选项.此外,在个人化检索怎么写作中(Cubby),使用者可选择欲显示的LinkOut出版商.

7.个人化检索怎么写作--Cubby

在Cubby怎么写作页建立个人检索帐号/,即可使用个人化检索怎么写作,该怎么写作提供下列个人化怎么写作:

a.储存/删除检索结果:

已储存的检索,再次登入系统时可勾选欲追踪检索的项目,执行「What'sNewforSelected」或是删除原先储存的检索策略.

AllLinkOutProviders及ProvidersCategories:

可选择欲显示的LinkOut出版商,,MyLinkOut编修设定资料.

文献传递怎么写作:

系统列出数个文献中心供使用者选择.其中,LoansomeDoc怎么写作,仅限於美国地区使用者方可使用,建议院内使用者可先查询本馆是否已有馆藏,,(五),检索

使用者在对话盒中输入欲查询的主题词汇,作者,刊名,文献识别号(PMID)等等即可建立检索

(),功能快捷列

与检索相关的功能快捷列,计Limit,Preview/Index,Clipboard,Detail等项,详细的功能将於第三节介绍.

(七),线上求助

以简洁的文句指引使用者如何查询PubMed,连结部分可快速连结至相关的解答.

(八),相关的怎么写作与资源

兹择其未与其它章节重复之要项介绍如下:

NLMGateway

使用者透过此一介面即可同时检索NLM提供的各类资讯资源(含资料库与网路资源),53期"NLMGateway:检索美国国家医学图书馆资讯资源之新介面"(lib.ntu.edu.tw/pub/mk/mk53/mk53-07.).

2.ConsumerHealth(NLM)制作的消费者健康资讯网站,提供约500种疾病症状,医疗资源,医学百科全书等参考资讯供一般民众参考使用.

3.ClinicalAlerts

美国国家卫生研究所(NIH)提供之临床医学警讯及相关的临床医学建议资讯.

ClinicalTrials.gov

由美国国家卫生研究所(NIH)提供一般民众,病患家属,临床医学研究人员有关临床试验方面的资料.

(九),电子书

目前共收录C.elegansII.,IntroductiontoGeicAnalysis.7thed.,ModernGeicAnalysis.,MolecularBiologyoftheCell.3rded.,MolecularCellBiology.4thed.,Retroviruses.等六本书,PubMed已先为使用者将此六本书概分成:cellcyclecontrolimmunodeficiency,proteinevolution三大主题概念.

(十),免费电子全文

PubMedCentral为美国国家生技资讯中心(NCBI)所提供的免费的线上电子全文,使用者可依刊名浏览,或是使用检索功能查询资料,检索方式同PubMed.

三、检索功能

(一),常用的检索方式

1.主题概念检索

在此对话盒中可直接输入多个检索词汇,如:vitamincmoncold,系统预设使用AND将两个检索概念进行交集检索,如需自行输入布林逻辑语法时,AND,OR,NOT须vitamincORzinc

2.作者检索

查询作者时输入形式为:姓名字的首字缩写,例如:ithja.:YangYin-Yang[MeSH]orYang[TextWord].使用者亦可用指令方式查询作者名:laimy[au],或是在「limit

3.刊名检索

a.PubMed检索对话盒

查询期刊名称时可以输入全称,如molecularbiologyofthecell,或是MEDLINE中的刊名缩写:molbiolcell,抑或是输入期刊的ISSN,查询特定的期刊,[ta]或[journalname]指令查询特定刊名的文章,如jcr[ta]或jcr[journalname],可查到在Journalofcardiopulmonaryrehabilitation发表被PubMed收录的文献.

b.limit

指定查询刊,PubMed收录的文献.

c.JournalBrowser

直接输入刊名全称,简称,ISSN(须符合ISSN标准写法,0883-9212)即可浏览PubMed是否已收录该刊.

(二),检索技巧

1.检索词的转换

在检索词汇方面,使用者所输入的检索词都将自动被转换对映至MeSH,但系统会同时以MeSH及TextWord方式进行检索,例如检索vitaminh,系统将以Biotin[MeSH]ORvitaminh[TextWord]进行检索.如果需要找词汇,可在词汇间加入引号,如:"singlecell".在期刊名方面,使用者输入刊名全称,缩写或是ISSN时,系统将对映至刊名检索,例如输入:newEnglandjournalofmedicine,将被转换成NEnglJMed[JournalName],其意义同NEnglJMed[ta].

2.切截

如英美文字的拼法或是词尾的变化而需要模糊查询时,可使用*作为切截符号,如:flor*,可找到以flor开头的字,如:flored,florful等,最多可显示150笔以此字开头的资料.*是以单字词为主要使用对象,如查询:infection*可以找到infections,但无法找到infectioncontrol.

3.布林逻辑

PubMed接受AND,OR,NOT布vitamincORzinc,如欲同时使用两个以上的布林语法,如:moncoldAND(vitamincORzinc),括弧中的主题概念之组合将先被运算後视为一个概念再与括弧外的主题概念进行布林逻辑之运算.

(),检索结果功能列表

以vitamincmoncold为检索例,所得检索结果呈现方式如下图所示,兹分述细项功能如下:

1.展示:

可选择以一般格式(Summary),简要格式(Brief),含摘 要格式(Abstract),XML格式,显示是否有LinkOut(提供相关的网路资源连结)等等格式显示所有的书目记录,Links,可直接连至该资料库的检索结果.

2.排序

可选择以作者或刊名或出版日期排序.

3.储存与纯文字档

使用者可勾选欲储存的检索结果,如未勾选,系统预设为全选,再按下「Se」键,"自订的档名.txt或"自订的档名.doc",可将检索结果储存在local端的电脑中.如按下「Text」键,

4.加入剪贴簿

可将检索结果加入剪贴簿,「

5.线上

按下「OrderLoansomeDoc文献系统之画面,因LoansomeDoc仅限美国地区使用,建议院内使用者可先查询本馆是否已有馆藏,

6.显示笔数

可选择每页欲显示的检索结果之笔数,系统预设为20笔.

7.检索结果

在检索结果中,每一笔记录都标示着「,PubMed据以评量提供「相.

link,可显示该笔的书目附摘 要的详细记录,「」Books」(从摘 要中撷取主题概念并列出相关的MeSH主题词,可连至相关的电子书全文),LinkOut」()等选项.在检索结果中均会标示每笔书目记录的PMID,如:PMID:79986697998669,申请馆合文件时如填上此,可加速找到该文件.

(),快捷列功能

1.Limit

使用者可设定查询的栏位,附摘 要的文献,出版品的类型,语文,Subsets(主题类别,如:AIDS,Bioethics等),研究对象年龄层,(人类或动物),性别,系统最近更新时间,出版时间.

2.Preview/Index

Preview可预览:

a.b.亦可在AddTerm(s)toQueryorViewIndex输入词汇预览检索结果之笔数,或是输

入按下Index,看各栏位中该词出现的资料笔数,AND,OR,NOT加

3.检索历史记录

每次检索步骤系统都会产生一个检索,本区可看到所有的检索步骤历史记录,,#2AND#3,表示将第二个及第三个检索步骤加以交集运算.但此记录在系统未运作一小时後将被系统消除,#标示的步骤储存的检索策略将被系统视为无效的检索策略,#标示的检索策略追踪新增的文献资料.

4.剪贴簿

该资料区可暂存检索一次或是多次的检索结果,500笔记录,但此记录在系统未运作一小时後将被系统消除.

5.检索策略细节

使用者输入检索词後,可在此检视PubMed将检索词转换成系统控制词汇之内容为何,并PubMedQuery中进行检索策略之编辑或是按下URL键,将该检索策略以形式储存在浏览器中的书签档案中,日後可直接连线至该使用.

四、全文的取得

(一),PubMedCentral

PubMedCentral由美国国家生技资讯中心(NCBI)所维护,该中心收录的全文包括ArthritisResearch等十余种全文期刊,上述电子全文均为已出版且经过同侪评监的文献,目前取得的格式主要为HTML及PDF档案.

(),本馆馆藏

使用者可将所需的书目记录中的刊名,,muse.library.tcu.edu.tw:8080/1cate/).

(三),

如未能於本馆馆藏目录查获所需资料,(ndds.stpi..tw/)中的「读者资料馆理」功能,申请个人帐号,俟帐号通过审核後,即可线上申请文献传递怎么写作,PubMed资料库使用简介

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(一)

(二)

(三)

(四)

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(六)

(七)

(八)

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(十)

(五)

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