网站原创“2013年中国药学会主办期刊优秀论文”评选结果在“2013年首届全国药学期刊创新发展高峰论坛”公布,获奖论文共50篇,《中国中药杂志》的5篇优秀论文高选票当选,他们是：
1.王毅,高秀梅,张伯礼,程冀宇.论建立基于网络生物学的现代中药创制方法学.2011,36（2）：228-231.
2.陈士林,张宝林,张贵君,严铸云,罗光明,孙素琴,吴和珍,黄林芳,庞晓慧,陈建波.中药鉴定学新技术新方法研究进展.2012,37（8）：1043-1055.
3.黄璐琦,高伟,周洁,王睿婷.系统生物学方法在药用植物次生代谢产物研究中的应用.2010,35（1）：8-12.
4.王伽伯,张学儒,肖小河,楚笑辉,周灿平,金城,鄢丹.基于化学分析的大黄药材商品规格划分的科学合理性研究.2010,35（4）：470-476.
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5.杨琪伟,杨莉,熊爱珍,鲁岚,王瑞,王峥涛.赤芍和白芍抗炎作用的UPLC-MS代谢组学初步研究.2011,36（6）：694-697.
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